2000 年 3 月總統大選前夕，當時被視為學界清流的中研院院長李遠哲，呼籲人民把握改革契機，並提出台灣將會「向上提升」或「向下沉淪」的大哉問，這句名言在台灣爆紅，隨後出任民進黨總統候選人陳水扁「國政顧問團」首席顧問。此舉讓扁陣營士氣大振，外界認為發揮臨門一腳的效果，影響部分中間選民的意向，有助於陳水扁當選總統。
李遠哲當時發表公開演講，名為「跨越斷層──掌握台灣未來關鍵的五年」，他表示在九二一大地震之後，目睹台灣社會有「向上進」與「向下退」兩股力量正在對衝，前者是各界踴躍捐款兩百億元以上的民間愛心，後者是地方派系與黑道在災區爭奪重建資源。他擔憂台灣到底會「向上提升」或「向下沉淪」，這種上下緊繃拉扯的狀況，在學術、政治和經濟等領域都可見到。
隔了幾天，民進黨總統候選人陳水扁表示，李遠哲同意出任「國政顧問團」首席顧問。顧問團還有許文龍、殷琪、張榮發、蕭新煌、施振榮等企業界與學界人士，他們的社會形象清新，大多沒有明顯的政治色彩。
李遠哲為了表達決心，一度請辭中研院院長，強調之後將專注社會改革，隨即被總統府慰留。在陳水扁當選總統後，李遠哲成為扁政府首任閣揆的熱門人選，民調顯示52％民眾支持李遠哲任閣揆。然而，李遠哲經過長考之後，並未出任行政院長，銷假回中研院上班。
李遠哲：兩岸勉強談判 未必有益指目前任何‘促說’訴求都缺乏理性基礎 強調五十年後整個世界是個地球村 統獨爭議到時也將不一樣
2000-03-05/聯合晚報/1版/要聞
【記者蔡振源╱台北報導】
中央研究院院長李遠哲今天在一場演講會中表示，目前台灣與大陸雙方還沒有取得互信就勉強進行談判，對雙方長遠發展未必有助益，他說，目前任何「促談」的訴求，其實都缺乏理性基礎，我們應該把共同點放在更遠的地方和更長遠的目標。
他表示，目前台灣與大陸雙方的僵持，徒增兩岸的誤解與不信任，甚至加深雙方敵意，這樣的發展並不好。
在國家發展問題上，李遠哲說，為了應付可能的危機，許多人希望未來新的國家領導人，應多多聽取多元社會的聲音，進行進一步的改革，真正讓老百姓做主人，並且擬定出好的國家發展藍圖，台灣才不會落入「發展斷層」；大家也希望新的國家領導人，應能承接已有些成績的憲政改革，繼續整合不同意見的聲音，使憲政改革能進一步符合國家發展的迫切需求，民間社會必須掌握這樣的契機，為督促憲政改革盡更大的責任，才有希望進一步落實民主改革。
對於近來緊張的兩岸情勢，李遠哲說，如果大家都能接受 50 年後整個世界就是個地球村，那麼未來的「主權國家」的觀念，也將和現在完全不一樣，所謂「一個中國」的說法，也將會完全有不同的意義和內涵，同樣的，眼前的統獨爭議，再過50年，也將不一樣。
他指出，長期來看，在一個地球村的架構下，兩岸之間的良性關係自應有所調整，統獨兩極論到時將沒有那麼大的差別，兩岸人民都可能達到各家作主、不受欺負的目標。他說，許多人也許會認為他太樂觀了，但他想強調的是，我們是否同意每個人都應有這樣的心願與決心，是最重要的第一步。
李遠哲今天下午應明日報、新新聞周報等單位邀請，在台北國際會議中心發表「跨越斷層──台灣未來關鍵的五年」專題演講，他在書面講稿初稿中指出，促成這場演講的動機，是因為他「很憂慮，大眾被一時選戰的激情所迷惑，而忽略了更長遠的願景」，他認為，「我們應該盡知識分子的言責，提醒社會，否則，一旦台灣向下沈淪，未來我們一定會感到後悔，沒有站出來說話。」
李遠哲說，過去一年來，他心中有著強烈的迫切感，他從來沒有像這次這樣擔心，台灣到底會「向上提升」還是「向下沈淪」，這種上下緊繃拉扯的明顯情形，在國內的學術、政治和經濟面處處可見。
李扁會李遠哲允出任 陳水扁 國政顧問
李雖未明言「挺扁」 肯定扁掃黑金決心 顧問團尚包括許文龍、殷琪、施振榮、張榮發等
2000-03-11/聯合報/1版/要聞
【記者林美玲、彭威晶╱台北報導】
民進黨總統候選人陳水扁與中央研究院院長李遠哲昨天下午見面，陳水扁公開宣布李遠哲及多位企業界、學術界人士已同意出任其「國政顧問團」成員，李遠哲也肯定陳水扁解決黑金的決心。選戰進入最後關鍵七天，民進黨認為，「李遠哲效應」對選戰有決定性的影響，為陳水扁的勝選奠定更堅實的基礎。
陳水扁與李遠哲昨天下午在台大校友會館晤談近一個小時，結束會面後各自舉行記者會。雖然李遠哲和陳水扁沒有一起舉行記者會，李遠哲也沒有明確說要「挺扁」，但從兩人互動，一切盡在不言中。
陳水扁與李遠哲會面後也釋放一項重要訊息，即是籌組「國政顧問團」，成員涵括李遠哲、許文龍、殷琪、張榮發、蕭新煌、施振榮在內的學術界、企業界人士，以及國安會諮詢委員陳必照，陳必照昨天已請辭國安會職務，陳水扁並將在今天上午拜訪陳必照。如果陳水扁未來入主總統府，「國政顧問團」這份名單將是其執政團隊的重要參考依據。
陳水扁與李遠哲的關係一直備受關注，李遠哲願意「站出來」，並且公開肯定陳水扁掃黑魄力，民進黨士氣大振，民進黨高層認為，「李遠哲效應」將使陳水扁的選票至少增加五個百分點，是勝選的關鍵。
昨天下午二時雙方約好在台大校友會館會面，李遠哲先抵達會場，受到大批媒體包圍。李遠哲表示，三月五日演講後有機會與社會各界交流，多數人認同台灣未來向上提升的力量必須由各界努力去做，不是靠幾個政府官員來推動。他說，他回台灣六年了，一直在社會進步、發展上努力，任何人只要懷抱這樣的理想，想針對國家進步與他討論，他都願意。他也說，「如果陳水扁當選，希望他把國家提升到更高的境界」。
隨後進入會場的陳水扁說，他已有很久一段時間沒和李遠哲見面。他說，「李院長曾說政府應聽聽學術界、企業界的聲音，我頗有同感，作為未來國家新的領導人，台灣意志的實現者，我有義務、責任向李院長請教，這只是開始」。
李遠哲、陳水扁二人會談約一個小時，隨後陳水扁先舉行記者會，說明向李遠哲「請益」的內容，他強調，賄選、買票、綁樁、撒錢，大家深惡痛絕，如何終結黑金，必須有堅定的信念，才能面對黑暗、威權而不屈服。李遠哲隨後舉行記者會，被詢及是否「挺扁」時，李遠哲沒有直接回答，不過他說，他要讓朋友知道，「候選人身邊還是有想替國家奉獻心血的人」。