2006年爆發台北市長馬英九特別費案，市府職員余文負責核銷市長特支費，卻便宜行事以個人蒐集的大額發票替代小額發票報帳。最後，余文因偽造文書罪判刑一年入獄，成為本案唯一入獄的公務員。由於余文並未中飽私囊，外界大多同情他的遭遇，認為是代罪羔羊。
余文於1989年到市府任職，1990年調任秘書處，長官認為他是穩重細心的老好人，與同事互動良好，於是1999年借調至市長室，處理市民陳情案件，以及兼辦市長特支費的核銷業務，2006年歸建秘書處。由於余文的工作繁忙，每天要處理上百封陳情信、數十張紅白帖，還有來自各界的陳情電話，為了節省時間才想出「以大換小」的發票報帳方式。
余文雖然一審宣判貪汙無罪，卻因為以他人發票核銷的做法，以偽造文書罪被判刑，最後被法院判刑一年確定，不能緩刑。就連二審受命法官也對余文無法緩刑感到同情，投書報紙表示「那夜，我睡不安穩」。余文於2008年入監服刑，隔年假釋出獄。余文出獄後，因為仍有公務員資格，2009年透過公開應徵方式重新回到市府兵役處上班，擔任助理員，不過職等與薪資都比原本還要低。
因為不分藍綠執政，許多政府首長都可能因為特別費的核銷問題陷入起訴風波，涉案人員高達七千五百人，被外界稱為「歷史共業」。立法院為此修改「會計法」，為特別費爭議解套，余文也成為特別費案受罰的最後一人。
同事看他：穩重細心2006-11-15/聯合晚報/3版/特別費風暴
【記者王彩鸝/台北報導】
負責馬英九特別費核銷的台北市政府秘書處二組組員余文，今天一早透過網路系統向主管請「休假一天」，前往台北市調處接受約談。
今天上班時間到，余文的辦公桌上還空盪盪的，他的直屬主管秘書處二組組長葉秀玲說，今天一早才看到余文的請假單，並稱他請的是年度休假，至於請假做什麼，她並不清楚。
據秘書處人事室主任李季燕表示，余文在市府服務年資已17 年，在市長室服務約7年，人事資料顯示，余文於民國78年到台北市政府服務，民國79年調任秘書處，88年7月調到市長室，處理市民陳情案件、兼辦市長特支費核銷，今年6月歸建秘書處二組組員。
在同事眼中，余文為人穩重客氣，跟同事之間互動良好，據了解，他當初因為個人有意願，以及處事「細心」的特質，才會被借調到市長秘書室服務。沒想到如今卻因為「便宜行事」，以個人蒐集來的大額發票替代小額發票，核銷特支費。
余文昨晚表示，他每天要處理100多封陳情信、50張紅白帖，實在無力逐項處理每天這麼多筆小額雜項支出，才會為了節省報帳時間而「便宜行事」。
余文上班了
高分錄取重返北市府，但薪資少了、職等低了… 馬總統有否來電關心？余文：以前同事都很關心我。
2009-07-31/聯合晚報/A8版/焦點
【記者楊正海/台北報導】
因馬英九特別費案入獄的前台北市府秘書余文，在假釋後，今天重返台北市政府兵役處上班，擔任4至5等秘書室助理員，職等和薪水比原來低，工作內容是財務管理，余文表示：「 一切將重新開始。」
余文原是市府五等科員，這次是應徵四到五等的兵役處秘書室助理員，以前在市府秘書處月薪可領到5萬元，新工作月薪約4萬1000元；今天是重回公職第一天，他還提早上班熟悉環境。
余文說，出獄後曾到一家私人企業應徵工作，但一下子就被認出來，擔心會替公司帶來困擾，所以沒有到職；至於馬總統是否有打電話關心他，余文只低調說， 「以前同事都很關心我」，將謹慎、正確面對未來，把工作做好。
台北市政府表示，余文回任市府合理、合法，余文是偽造文書罪入獄，仍保留公務員資格，且經過公開應徵。兵役處長朱亞虎說，這職缺經公開上網徵求，有14名具公務員資格者應徵，篩選剩3男1女適任科員工作者，6月30日成立面試委員會口試，由副處長主持，16名口試委員有15人給余文第一，另一人給第二名，余文是高分錄取。