2013 年 9 月的「馬王政爭」，係指馬英九總統發動對立法院長王金平涉入司法關說的指控，想要趁機拔除他的立法院長職位。由於涉及行政院與立法院之間、國民黨內部的權力衝突，期間造成政局動盪，又稱為「九月政爭」。
「馬王政爭」的關鍵是欲開除王金平的國民黨籍，讓他失去國民黨不分區立委的身分，進而解除立法院長的職位。然而，王金平透過訴訟暫時保留黨籍，也保住立法院長之職。
「馬王政爭」使得行政院想向立法院提出的四十幾個法案卡關，讓原本是明日之星的行政院長江宜樺，難以推動重大政策。另一方面，爆出特偵組曾經監聽立法院總機電話，引起政壇的喧然大波，被喻為「台灣版的水門案」，也導致特偵組於 2017 年被廢除。
雖然馬王兩人在檯面下的鬥爭暗潮洶湧，但是在公開場合依然行禮如儀。當年的國慶大典，馬英九總統與立法院長王金平坐在主舞台的同一排，中間隔著總統夫人周美青，馬王兩人的互動成為鎂光燈焦點。
「馬王政爭」使得國民黨內的擁馬派與擁王派對立嚴重，然而在黨中央的強力勸說之下，在當年11月的十九全大會上，大老幾乎全數出席，營造出大團結的表象。然而隨著2014年九合一選舉，國民黨大敗，時任副總統的吳敦義事後表示，馬王風暴是壓垮馬政府的最後一根稻草。
馬王政爭 掩蓋了他的執政成績
2016-05-18/聯合晚報/A2版/告別馬英九時代
【本報記者程平】
馬總統八年執政，兼任國民黨主席的時間超過五年，原本是希望黨政合一有利政策推動，結果是黨政角力扞格，反而變成施政阻力，使他的民意支持度疲弱不振，不滿意度也節節飆升。
2008年國民黨重返執政後，馬總統宣示要當全民總統，不兼任國民黨主席，而國民黨在立法院擁有四分之三優勢席次，大可推動興利除弊，可是表現卻不如預期，眼看令出不了總統府，包括提名的監察委員人選也遭立法院杯葛，看著民調直直落，原本無意兼任黨主席的馬英九，最終在2013年修改黨章，開始兼任黨主席推動黨政改造，希望在黨政同步下，推動政務可望更順遂。
然而，2013年9月馬王政爭，掀起政壇風暴，馬英九與王金平反目，甚至對簿公堂，國民黨內部分崩離析，隔年九合一選舉的全面潰敗，震撼了執政的國民黨，也讓民意支持度一路下滑的馬英九成為黨內究責對象，馬最終辭去黨主席。
東海大學政治系副教授沈有忠認為，相較於陳水扁任命的行政院長，除了唐飛都是綠營的黨政菁英，馬英九卻重用官僚或學者，當然與政黨文化及立委互動出現落差，尤其是在馬王政爭時，看到馬英九連對付國會議長都會用如此檯面的手段，讓很多本土派黨員更不服氣。
國民黨立委費鴻泰認為，馬王政爭造成行政、立法系統嚴重分歧，是嚴重失分，馬總統處理時應該更謹慎，不該因此掩蓋執政成績，破壞黨內和諧，也讓地方派系有了見縫插針的機會。